Nella tonaca propria e nella sottomucosa dell'intestino tenue, in grandissima maggioranza nell'ileo, sono presenti aggregati linfoidi (MALT) costituenti noduli solitari o riuniti in complessi noti come placche di Peyer. Dove è presente il nodulo o la placca, la parete intestinale è sprovvista di villi e fra le cellule epiteliali di rivestimento sono presenti cellule M. Ogni nodulo contiene diversi follicoli secondari e ogni placca è formata da 10 a 200 noduli. La ricca rete di capillari linfatici che permea noduli e placche manda la linfa a seni linfatici perifollicolari e da qui ai collettori linfatici della sottomucosa. A livello dell'intestino cieco l'appendice vermiforme si presenta come una struttura linfoide secondaria per i numerosi noduli linfatici presenti nello spessore della lamina propria e della sottomucosa. La struttura, a parte la forma tubulare con diametro ridotto dell'appendice (circa 1 cm esterno), è quella descritta per le placche di Peyer.