FATTORI DI TRASCRIZIONE : DOMINI DI INTERAZIONE CON IL DNA

Zinc finger motif Il dominio di interazione con il DNA chiamato Zn finger puo' essere diviso in tre sottotipi:

C2H2 zinc finger: E' caratterizzato dalla sequenza CX2-4C....HX2-4H, dove C = cisteina, H = istidina, X = qualunque amino acido. Nella struttura 3D structure, due  residui di cisteina  e due residui di istidina interagiscono con uno ione zinco.

C4 zinc finger: La sua sequenza consenso e' CX2CX13CX2CX14-15CX5CX9CX2C. I primi quattro residui di cisteina legano ad uno ione zinco  e gli altri quattro ad un secondo ione zinco.

C6 zinc finger. Ha una sequenza consenso CX2CX6CX5-6CX2CX6C. Il fattore di trascrizione di lieviti Gal4 contiene questo dominio dove sei residui  di cisteine  interagiscono con due ioni zinco.

Dominio di Zinc finger C2H2 fattore di trascrizione Sp1	Dominio di Zinc finger C4 fattore di trascrizione Recettore degli Estrogeni

il pallino arancione rappresenta lo ione Zinco (in ER sono quattro perche' due proteine identiche interagiscono tra loro)

Gli originali di queste figure si trovano su http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm ove e' possibile trovare una trattazione dettagliata dei domini di interazoione con il DNA. Visit the site forhttp://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm more details.

Helix-Turn-Helix

Il dominio Helix-Turn-Helix motif consiste di due eliche e di una piccola catena aminoacidica tra le due eliche. La elica carbossi-terminale entra nel solco maggiore del DNA. Questo motivo si trova in centinaia di proteine capaci di legare il DNA (es.: repressore lambda, repressore del triptofano, la proteina attivatrice del catabolismo {catabolite activator protein [CAP]}, octamer transcription factor 1 (Oct-1) e l'heat shock factor (HSF). Questo dominio e' tipico anche dei derivati proteici dei geni omeotici (hanno uno speciale dominio Helix-Turn-Helix: Homeodomain), conosciuti perche' hanno un ruolo critico nello sviluppo della Drosofila. f.

Interazione tra dimeri di repressore lambda dimer ed il DNA Ogni repressore lambda contiene un motivo Helix-Turn-Helix con un'elica inserita nel solco maggiore del DNA.

 
Gli originali di queste figure si trovano su http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm ove e' possibile trovare una trattazione dettagliata dei domini di interazoione con il DNA. Visit the site forhttp://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm more details

Leucine Zipper

Come la maggior parte dei fattori di trascrizione, quelli che contengono un leucine-zipper legano il DNA come dimeri. Il leucine zipper e' formato da due eliche, una per ogni monomero. Le eliche sono tenute insieme da interazioni idrofobiche tra residui di leucina posizionati da un lato di ogni elica. Tra quyesti fattori di trascrizione sono rappresentati  AP-1, CREB, e Gcn4.

Organizazione del dominio del fattore di trascrizione c-Jun nella struttura che origina il complesso AP-1/DNA

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Helix-Loop-Helix

"Helix-Loop-Helix" non deve essere confuso con il motivo "Helix-Turn-Helix". Infatti, queste due strutture sono molto differenti, il motivo Helix-Loop-Helix somiglia molto di piu' ad un motivo "leucine zipper". Esempio: nella proteina determinante i mioblasti (MyoD). 

Fattore di trascrizione MyoD

Gli originali di queste figure si trovano su http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm ove e' possibile trovare una trattazione dettagliata dei domini di interazoione con il DNA. Visit the site forhttp://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4I.htm more details