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CORSO di BIOLOGIA DEI MICROORGANISMI aa 2018/2019

Libri di testo consigliati: BIOLOGIA DEI MICRORGANISMI a cura di G. Deho e E. Galli casa Editrice Ambrosiana, MICROBIOLOGIA generale ed agraria, Biavati, Sorlini, Casa Editrice Ambrosiana, MICROBIOLOGIA, Schaechter, Ingraham, Neidhart, edito da Zanichelli; MICROBIOLOGIA (fisiologia, genetica, virologia evoluzione e diversità), Perry, Staley, Lory, edito da Zanichelli; Brock, BIOLOGIA DEI MICRORGANISMI, volume 1 MICROBIOLOGIA GENERALE, Madigan, Martinko, edito da Casa Editrice Ambrosiana.

L’esame si svolgerà attraverso ad una prova scritta della durata di 55 minuti, organizzata in 10 domande aperte per ognuna delle quali lo studente ha a disposizione 5 min. Le iscrizioni all’esame avverranno mediante sistema SIFA. Saranno programmati 6-7 appelli d’esame nel periodo da febbraio a settembre 2016.

Prossimi appelli d’esame A.A. 2018-19

n. 1   14/06/2019 ore 10:15 – Aula 4 Facoltà di Scienze Agrarie e Alimentari, via Celoria 2

n. 2  10/07/2019 ore 10:15 – Aula 4 Facoltà di Scienze Agrarie e Alimentari, via Celoria 2

n. 3  16/09/2019 ore 10:15 – Aula 4 Facoltà di Scienze Agrarie e Alimentari, via Celoria 2

Le esercitazioni pratiche di laboratorio del corso di BIOLOGIA DEI MICROORGANISMI si terranno nei giorni 16, 23, 30 Ottobre e 6  Novembre per i primi tre turni di studenti; nei giorni 20, 27 Novembre, 4 e 11 Dicembre per i successivi tre turni di studenti (ogni turno può contenere un massimo di 32 studenti). Le Iscrizioni ai turni saranno attivate tramite servizio SIFA.  Le iscrizioni alle esercitazioni pratiche di laboratorio sono aperte  fino al giorno 9 Ottobre. Si accede alle iscrizioni tramite SIFA. Gli studenti avranno la possibilità di iscriversi a uno dei quattro turni previsti. GLI STUDENTI NON DOVRANNO ISCRIVERSI A PIU’ DI UN TURNO DI ESERCITAZIONE.  I turni avranno i seguenti orari: Turno I martedì 16, 23, 30 Ottobre e 6  Novembre dalle 9:00 alle ore 11:00, Turno II martedì 16, 23, 30 Ottobre e 6  Novembre dalle 11:00 alle ore 13:00, Turno III martedì 16, 23, 30 Ottobre e 6  Novembre dalle 14:00 alle ore 16:00, Turno IV martedì 20, 27 Novembre, 4 e 11 Dicembre dalle 9:00 alle ore 11:00, Turno V martedì 20, 27 Novembre, 4 e 11 Dicembre dalle 11:00 alle ore 13:00, Turno VI martedì 20, 27 Novembre, 4 e 11 Dicembre dalle 14:00 alle 16:00.  Le esercitazioni pratiche  si svolgeranno nei laboratori didattici posti al primo piano dell’edificio di via Mangiagalli 25 secondo il seguente programma (programma 2018).   Le esercitazioni pratiche di laboratorio non sono obbligatorie ma sono consigliate. Gli argomenti trattati durante le esercitazioni pratiche di laboratorio sono da considerarsi argomento d’esame.  E’ OBBLIGATORIO PRESENTARSI ALLE ESERCITAZIONI PRATICHE DI LABORATORIO con la MASSIMA PUNTUALITÀ’ e MUNITI DI CAMICE.

Suddivisione degli studenti ai turni di laboratorio a.a. 2018-19 (Turni-2018)

DISPOSIZIONI relative alla SICUREZZA nei Laboratori BIOLOGICI
In previsione dell’inizio delle esercitazioni pratiche di laboratorio si invitano gli studenti a prendere visione del documento relativo alle Sicurezza degli utenti di un laboratorio Microbiologico (Sicurezza-Lab-2018); Inoltre si consiglia di prendere visione dei documenti inerenti la sicurezza d’uso dei laboratori biologici e delle cappe chimiche (laboratori biologici, cappe chimiche)
Complementi didattici
la sintesi proteica

(http://highered.mcgraw-hill.com/sites/0072437316/student_view0/chapter15/animations.html#)

La replicazione del DNA

(http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/student/animations/dna_replication/index.html)

 

Attività didattica

Corso opzionale – Biotecnologie delle Fermentazioni Alimentari – aa 2018/19 ( 6CFU ) – docente Diego Mora

Il corso prevede approfondimenti su: i) il ruolo biotecnologico e i processi molecolari che regolano l’interazione tra i microrganismi e la matrice alimentare; ii) Il ruolo dei microrganismi di interesse alimentare nei processi di biopreservation; iii) il concetto di “safety” dei microrganismi utilizzati negli alimenti.
Il ruolo biotecnologico dei microrganismi nel settore lattiero-caseario e enologico. La produzione di acido lattico e descrizione dei processi metabolici che influenzano la velocità di acidificazione (attività ureasica, il pathway dell’arginina deiminasi e dell’acido citrico, selezione e caratterizzazione di mutanti spontanei b-galattosidasi negativi in Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus). Il ruolo dell’attività proteolitica batterica nei processi di maturazione dei formaggi. Il fenomeno dell’autolisi nei batteri lattici di interesse alimentare: descrizione molecolare e ruolo biotecnologico. La produzione di aromi: i microrganismi e le vie metaboliche coinvolte nel processo. I batteri lattici e la produzione di aromi da amminoacidi: potenzialità predittive della genomica. Gli esopolisaccaridi batterici: biosintesi e ruolo biotecnologico. La fermentazione malolattica, ruolo fisiologico e tecnologico. Il ruolo di Oenococcus oeni nel controllo della produzione di aromi nel vino.
Microrganismi e processi di biopreservation Le batteriocine: descrizione e classificazione. La nisina e la pediocina: caratterizzazione molecolare, biosintesi, attività antibatterica e applicazioni nel controllo della salubrità degli alimenti. La reuterina. Le tossine killer di lievito: caratterizzazione genetica e modalità di azione.

Attività didattiche integrative 

Le attività didattiche integrative prevedono lo sviluppo di due progetti sperimentali che saranno decisi e discussi in aula. I progetti prevedono una parte sperimentale e la stesura di una relazione tecnico-scientifica preferibilmente in lingua inglese. La parte sperimentale sarà condotta presso i laboratori didattici del DeFENS e quelli coordinati dal docente presso la sezione di Microbiologia Alimentare e Bioprocessi nel mese di Gennaio 2019. I gruppi di lavoro saranno composti da 10-12 studenti, ciascuno dei quali dovrà contribuire al raggiungimento dei risultati.
Testi consigliati: Appunti delle lezioni. Il materiale didattico utilizzato nelle lezioni frontali è disponibile di seguito.
Prerequisiti: Gli studenti che intendono seguire il corso di Biologia dei Microrganismi di Interesse Alimentare devono aver acquisito le conoscenze basilari di chimica, biochimica e microbiologia.
Propedeuticità consigliate: Gli studenti che intendono seguire il corso di Biologia dei Microrganismi di Interesse Alimentare devono aver acquisito i crediti formativi o aver seguito i corsi di Microbiologia Generale dei rispettivi corsi di Laurea.
Metodi didattici: I 6 crediti formativi del corso saranno così ripartiti: i) 4 crediti di lezioni frontali comprendenti anche la lettura, l’interpretazione dei risultati e la presentazione in forma di breve relazione di articoli scientifici; ii) 2 crediti di sviluppo di un progetto scientifico. L’esame finale del corso consisterà in un colloquio orale la cui data verrà fissata previo accordo con il docente. Le tematiche trattate durante lo svolgimento del progetto di cui sopra sono considerati argomenti d’esame.

 

Appunti delle lezioni:

Introduzione al corso
Lezione 1
Lezione 2
Lezione 3
Lezione 4
Lezione 5

Lezione 5-2012
Lezione 6
Lezione 7
Lezione 8
Lezione 9
Lezione10a
Lezione10b

Lezione-11

Lezione-12

Il ruolo dell’acido formico sulla velocità di acidificazione di S. thermophilus e L. delbrueckii

Ureasi-Arioli

Documento EFSA-2012 su antibiotico-resistenze esco aggiornamento EFSA-2018

Corso fondamentale – Biologia dei Microrganismi – Scienze e Tecnologie Alimentari – ( 5 CFU )

Programma: definizioni e premesse . Le caratteristiche che fanno dei microbi dei legittimi appartenenti alla variegata e vasta comunità dei viventi; le caratteristiche che fanno dei microbi una entità omogenea sebbene costituita da una grande varietà di individui. Presentazione dei principali raggruppamenti microbici. L’insostituibile ruolo dei microbi. La suddivisine in Procarioti ed in Eucarioti. Le caratteristiche che consentono di descrivere, identificare, riconoscere, classificare un microrganismo. Le caratterisitiche micro e macro morfologiche. Anatomia della cellula procariota e eucariota. Struttura, composizione chimica e funzioni della capsula, della parete cellulare batterica e quella di lievito, della membrana cellulare, dei ribosomi, del genoma delle inclusioni, delle appendici e delle endospore. Metabolismo energetico e rapporti con l’ossigeno. Le fermentazioni lattica eterolattica alcolica e acetica. La crescita miscrobica (0,3 CFU) La curva e l’equazione della crescita batterica; le due crescite batteriche. La diversificata natura dei processi e i differenti tipi ed il loro valore discriminante. Esigenze nutrizionali e colturali ed habitat. Dalla composizione chimica alle esigenze nutrizionali. La fondamentale uguaglianza per tutti i viventi, uomo compreso. I substrati di coltura: composizione e concentrazione dei nutrienti. Le condizioni di coltura.e di inibizione della crescita microbica. Habitat naturale. Il rapporti con gli altri viventi. I meccanismi di controllo del metabolismo cellulare. Gli enzimi e cellula batterica. Regolazione della sintesi e dell’attività enzimatica. Il genoma batterico. La replicazione del DNA. Mutazioni (agenti e composti mutageni), i tipi di mutanti, meccanismi di riparazione del DNA, gli enzimi di restrizione. Ricombinazione genetica. I virus. Classificazione, tassonomia, filogenesi batterica. La I principali gruppi batterici di interesse agro-alimentare. Le caratteristiche morfologiche degli eumiceti che assumano un valore discriminante fondamentale per muffe e funghi e per i lieviti. I principali gruppi degli eumiceti: zigomiceti, ascomiceti, basidiomiceti, deuteromiceti. Le tecniche e gli strumenti del laboratorio di microbiologia. Il lavoro in sterilità, isolamento, la coltura pura, il ceppo type, osservazioni al microscopio ottico, le colorazioni, i test metabolici.

Presentazione Corso

Lezione-1-2018

Lezione2-2012

Caratteristiche della parete di lievito

Acidi organici e pHin

LPS structure in Gram-negative

Lezione3-2012

Lezione3b-2012

Principi di sterilizzazione

Lezione4-1-2012

Lezione4-2-2012

Lezione4-2-1-2012

Lezione4-2-2-2012

Lezione4b

Lezione5c

Lezione5-genetica

Lezione6

Lezione7

Lezione8

I batteri acetici e fermentazione acetica di C. thermoaceticum

Lezione PCR

PCR-Mullis

Approfondimenti di Citometria a Flusso-A

Approfondimenti di Citometria a Flusso-B

Approfondimenti di Citometria a Flusso-C

Virus-Fortina

lezione 2mg

lezione 2amg
lezione 3mg
lezione 3bmg
Prof. Molinari Saccharomyces cerevisiae fermentazione e respirazione
lezione 5mg
Amminoacidi
lezione 6mg
lezione 7mg (Prof S. Borin)
lezione 7bmg

La spora batterica
Prof. Molinari I batteri acetici: tassonomia e metabolismo
Prof. Fortina Lieviti e Muffe: principi di tassomia

Prof. Guglielmetti Eumiceti

Corso SILSISMI – Igiene degli Alimenti – Microbiologia Generale –
La microbiologia
Il regno dei microrganismi
Il ruolo dei microrganismi
La cellula procariota e la cellula eucariota
Come sono fatti i batteri
Come sono fatti i lieviti
Come sono fatte le muffe

Fotografie al microscopio di batteri
Fotografie al microscopio di muffe
Igiene degli Alimenti
Riassunto

Modulo di Ecologia del Microbiota Umano (CFU 4)

Il corso vuole fornire le conoscenze necessarie per poter interpretare in maniera scientificamente corretta le informazioni che derivano dai più recenti studi che si occupano della descrizione e dei ruoli del microbiota associato all’uomo. Il corso prevede una prima parte introduttiva allo studio dell’ecologia microbica dove vengono ripresi concetti riguardanti la filogenesi microbica e fornite le informazioni necessarie alla comprensione degli approcci metodologici utilizzati per caratterizzare le comunità microbiche che sono alla base degli attuali studi sul microbiota umano. La seconda parte del corso sarà dedicata alla descrizione del microbiota umano e alle funzioni che esso svolge in relazione alla fisiologia dell’ospite e allo stato di salute dell’individuo.

Testi consigliati: Appunti delle lezioni. Il materiale didattico utilizzato nelle lezioni frontali è disponibile di seguito. Non esistono testi completi su questi argomenti. Di conseguenza mi limito a indicare due testi da usare come approfondimenti agli argomenti trattati: 1) The Human Microbiota, Edited by David N. Fredricks , 2) Missing Microbes di Martin Blaser (Un libro straordinario, tradotto anche in lingua italiana con il titolo “Che fine hanno fatto i nostri microbi”, che rappresenta una nuova visione, supportata da dati scientifici, di come il microbiota umano che si sviluppa nelle prime fasi della vita possa avere effetti a lungo termine sulla salute dell’uomo).
Prerequisiti: Gli studenti che intendono seguire il corso di Ecologia del Microbiota Umano devono aver acquisito le conoscenze basilari di chimica, biochimica e microbiologia.
Metodi didattici: I 4 crediti formativi del corso saranno costituiti da lezioni frontali basate anche sulla lettura critica della letteratura scientifica.

Orari delle lezioni: lunedì e giovedì dalle 13:30 alle 15:00, aula C20. Eventuali cambi di orario o assenze del docente verranno comunicate utilizzando la bacheca online del sito del corso di laurea al seguente indirizzo http://www.agraria.unimi.it/CDL/bacheca.php?cdl=K05.

Esame finale: l’esame si svolgerà sostenendo una prova scritta della durata di 60 minuti, organizzata in 10 domande aperte a tempo (6 min ciascuna) sugli argomenti trattati a lezione sia nel modulo di Ecologia del Microbiota Umano (5 domande) che nel modulo di Qualità e Sicurezza Microbiologica nei Sistemi Alimentari (5 domande). Le iscrizioni all’esame avverranno mediante sistema SIFA. Saranno programmati 6-7 appelli d’esame nel periodo da febbraio a settembre 2018.

NOVITA’ a partire dall’anno accademico 2017-18

Per gli studenti che hanno seguito le lezioni a partire dall’anno accademico 2018-19 il materiale da utilizzare per la preparazione dell’esame è limitato ai files  che trovate di seguito e designati con la sigla “AA-18-19″.

Disponibilità del docente: il docente e’ disponibile per chiarimenti sugli argomenti trattati nel corso previo appuntamento da concordare tramite e-mail scrivendo all’indirizzo diego.mora@unimi.it.

Lucidi delle lezioni (Prof. M.G. Fortina)

AA-18-19 PCR-Methods (Prof. lorenzo brusetti)

AA-18-19 Lezione 1-2012/13

AA-18-19 Lezione 2-2012/13

AA-18-19 Lezione 3-2012/13

AA-18-19 Lezione 4-2012/13

Lezione 4b-2012/13

AA-18-19 Lezione 5-2012/13

Lezione 6-2012/13

AA-18-19 Lezione 7-2012/13

Lezione 8-2012/13

Lezione 9-2012/13

Lezione 10-2012/13

AA-18-19 Lezione 11-2012/13

AA-18-19 Antibiotici e Antibiotico-resistenza

Lezione 12-2012/13

Lezione 13-2013/14

Microbiome and health

AA-17-18 E. faecalis competition in the intestinal gut microbiota

AA-18-19 Trasferimento di antibiotico-resistenze mediato da batteriofagi nel tratto intestinale

Cambiamenti di dieta e composizione del microbiota intestinale

Dieta e microbiota, un approfondimento

Il cancro colon-rettale e i metaboliti del microbiota

Gli effetti dell’alterazione dei ritmi circadiani e sulla composizione e funzionalità del microbiota

Lezione Prof. Guglielmetti-2015

Cambiamenti di composizione del microbiota e effetti a lungo termine sull’individuo (Anti-IgA)

AA-18-19 BioInfoTools by Tracy Meiring (UCT-South Africa)

Modulazione artificiale del microbiota intestinale

Analisi del microbiota dell mucosa durante l’evoluzione del cancro al colon-retto

AA-18-19 Il trasporto geografico di geni di antibiotico-resistenza mediato dal microbiota umano

Distribuzione BioGeografica del Microbiota umano (A) (B)

Adattamento al freddo e microbiota intestinale (A) (B)

BioDiversità del suolo e salute dell’individuo

Breast-tissue microbiota and breast cancer (slides, paper)

Lezione Prof. Simone Guglielmetti 2016

AA-18-19 Documento EFSA-2012 su antibiotico-resistenze

Delivery mode and microbiota colonization (EMBO-2016)

AA-18-19 Virus